در جزیره قشم همچون سایر مناطق آزاد کشور علاوه بر استقرار گمرک جمهوری اسلامی ایران، گمرک منطقه آزاد نیز مشغول فعالیت است و هرکدام با توجه به ماموریت های محوله، شرح وظایف مشخصی دارند. امور گمرکی سازمان منطقه آزاد قشم که به اداره کل گمرک و ترانزیت معروف است بر اساس قانون ( صادرات و واردات و امور گمرکی مناطق آزاد تجاری – صنعتی جمهوری اسلامی ایران)  انجام می شود.

بر اساس مقررات فوق انجام امور گمرکی برای ورود هر گونه کالا از خارج از کشور به داخل منطقه آزاد و برعکس آن یعنی صدور کالا به خارج از کشور و همچنین ورود و خروج مسافر از منطقه آزاد به خارج از کشور بر عهده این اداره کل می باشد.